Indonesia adalah tempat kelahiran paleoantropologi profesional yang diabaikan. Di Eropa pada pertengahan abad ke-19, para ilmuwan menemukan spesies hominid yang punah untuk pertama kalinya: Neanderthal. Sebenarnya, lebih akurat untuk mengatakan bahwa fosil Neanderthal ditemukan oleh orang awam yang kemudian membawanya ke perhatian ahli anatomi terkenal. Baru pada tahun 1890 seorang peneliti pergi ke lapangan mencari tulang hominid. Eugene Dubois, seorang dokter medis Belanda, melakukan perjalanan ke Indonesia, yang saat itu merupakan koloni Belanda, untuk mencari leluhur manusia. Pada tahun 1891, ia menemukan fosil Homo erectus dan menjadikan perburuan hominid sebagai upaya yang tepat — dan menjadikan Asia tujuan bagi para ahli paleoantropologi.
Trinil: Penemuan Dubois terjadi di dekat desa Trinil di Jawa Tengah. Temuan pertamanya adalah kopiah, yang sekarang diketahui berasal dari 700.000 hingga 1 juta tahun yang lalu. Tengkorak itu terlihat seperti manusia, tetapi memiliki tulang yang tebal, alis tebal dan dahi yang rendah dan miring. Setahun kemudian, pada tahun 1892, Dubois menemukan tulang paha yang hampir lengkap yang tampak hampir modern. Dia memutuskan tulang-tulang itu milik spesies yang punah yang merupakan "mata rantai yang hilang" antara kera dan manusia. Ia menamakan spesies Pithecanthropus erectus ("erect ape man"). Kadang-kadang disebut Manusia Jawa, spesies saat ini disebut Homo erectus .
Ngandong: Peneliti Belanda menemukan lebih banyak fosil H. erectus, mewakili 15 individu, di Jawa pada 1930-an dekat desa Ngandong di Sungai Solo Jawa. Sampai baru-baru ini, ahli paleoantropologi berpikir bahwa tulang Ngandong mewakili populasi H. erectus yang sangat baru. Diperkirakan mungkin semuda 30.000 hingga 50.000 tahun yang lalu, hominid ini mungkin sezaman dengan manusia Neanderthal dan manusia modern yang tinggal di Eropa dan Asia Barat. Tetapi penelitian lapangan dan analisis penanggalan terbaru menunjukkan bahwa hominid Ngandong hidup jauh lebih awal, sekitar 143.000 hingga 546.000 tahun yang lalu.
Mojokerto: Pada tahun 1936, seorang asisten yang bekerja dengan Survei Geologi Belanda mengungkap sebagian tengkorak seorang anak berusia dua hingga tiga tahun di Jawa Timur. Anggota tim Ralph von Koenigswald, seorang ahli paleontologi Jerman, mengenali tengkorak itu sebagai milik hominid awal, H. erectus . Meskipun lokasi pasti, dan karena usia, dari fosil telah dipertanyakan dalam beberapa tahun terakhir, para ilmuwan umumnya berpikir tengkorak Mojokerto berasal dari sekitar 1, 8 juta tahun yang lalu. Itu membuatnya menjadi salah satu tulang hominid tertua yang pernah ditemukan di luar Afrika.
Sangiran: Antara 1937 dan 1941, von Koenigswald menemukan fosil H. erectus tambahan di situs Sangiran di Jawa Tengah. Temuan itu termasuk tiga tengkorak parsial, rahang parsial, dan lusinan gigi terisolasi. Fosil-fosil ini, yang berasal dari lebih dari satu juta tahun yang lalu, membantu mengkonfirmasi keabsahan status spesies H. erectus . Hari ini, wisatawan dapat mengunjungi situs fosil, yang merupakan rumah bagi penggalian yang sedang berlangsung serta museum.
Flores: Penemuan hominid terbaru di Indonesia sangat mengejutkan. Pada tahun 2004, sekelompok peneliti dari Indonesia dan Australia mengumumkan bahwa mereka telah menemukan koleksi fosil yang tidak biasa di pulau Flores, Indonesia. Tulang-tulang itu milik seorang hominid berotak kecil yang tingginya kurang dari empat kaki dan beratnya kurang dari 70 pound — namun beberapa fosilnya baru berusia 17.000 tahun. Para peneliti memutuskan "Hobbit" milik spesies baru, Homo floresiensis . Begitu nenek moyang spesies, mungkin H. erectus, tiba di pulau itu, hominid berevolusi menjadi lebih kecil sebagai adaptasi untuk hidup di pulau kecil. Namun, para kritikus mengatakan bahwa Hobbit sebenarnya adalah manusia modern dengan semacam gangguan pertumbuhan.
