https://frosthead.com

Ilmuwan Mengekstraksi DNA Dari Kuku Seabiscuit Untuk Mengetahui Bagaimana Dia Begitu Cepat

Seabiscuit bukan kuda yang tampak mengesankan. Dia dianggap cukup malas, lebih suka makan dan tidur di warungnya daripada berolahraga. Dia telah dihapuskan oleh sebagian besar industri balap setelah kehilangan 17 balapan pertamanya. Tapi Seabiscuit akhirnya menjadi salah satu juara ras paling dicintai sepanjang masa - memilih 1938 Horse of the Year setelah memenangkan perlombaan pertandingan legendarisnya sebagai underdog melawan pemenang Triple Crown pemenang Laksamana Perang pada tahun 1938.

Sebagai seorang ahli fisiologi molekuler, konsep untuk memahami bagaimana varian gen tertentu dapat memengaruhi kinerja, baik dalam atletik, pembelajaran, atau bahkan bagaimana suatu organisme berkembang, selalu membuat saya tertarik. Balap balap tampaknya merupakan arena yang menjanjikan untuk mempelajari ide ini, karena kuda pacu yang sukses tidak hanya membutuhkan atribut fisik yang elit, tetapi juga kemampuan mental seorang juara, kadang-kadang disebut sebagai "keinginan untuk menang."

Di Institute for Equine Genomics di sini di Binghamton University, kami mencoba untuk lebih memahami komponen genetik yang terkait dengan keberhasilan pembiakan di ras asli dan ras kuda lainnya. Kami juga tertarik untuk menemukan varian gen yang dapat membantu kuda sebelum dan sesudah karier balap mereka. Kami telah berhasil menjalankan tes untuk peternakan kuda di seluruh AS dan di Afrika Selatan dan Selandia Baru untuk membantu dengan keputusan pemuliaan dan membantu mereka mengidentifikasi lebih awal kuda mana yang mungkin tidak cocok untuk trek.

Beberapa tahun yang lalu, Jacqueline Cooper dari Seabiscuit Heritage Foundation menghubungi. Dia ingin menguji secara genetik keturunan Seabiscuit generasi kelima, bernama Laut Perunggu, untuk tujuan pembiakan. Jacqueline bertanya apakah ada informasi genetik tentang Seabiscuit yang dapat diperoleh dari sequencing Laut Perunggu. * Tetapi karena Seabiscuit begitu jauh di belakangnya, lab kami benar-benar tidak dapat memastikan gen Laut Perunggu mana yang berasal dari cicitnya. kakek. Itu hanya akan berhasil jika jaringan pembanding dari Seabiscuit masih ada - sebuah proposisi yang tidak mungkin sejak dia meninggal pada tahun 1947 dan dimakamkan di sebuah makam yang tidak diketahui di Ridgewood Ranch di California Utara.

seabiscuit2.jpg Seabiscuit sebagai pensiunan berusia 7 tahun, dengan beberapa keturunannya di Ridgewood Ranch di California. (AP)

Selama panggilan telepon kelompok antara saya, Jacqueline dan Michael Howard, cicit dari pemilik Seabiscuit, ia menyebutkan bahwa kuku Seabiscuit telah dilepas dan dilestarikan setelah sang juara meninggal. Sekarang ini menggelitik minat saya; kelompok lab saya telah berhasil mengekstraksi DNA utuh dari sampel tulang purba.

Ternyata kuku perak Seabiscuit - pikirkan sepatu bayi yang dilapisi logam - dipajang di California Thoroughbred Foundation. Meskipun bukan praktik yang lazim saat ini, menurut sejarah sudah lazimnya menghilangkan kuku kuda pacuan juara sebagai kenang-kenangan sebelum dimakamkan. Kuku perak sering berfungsi sebagai kenang-kenangan dekoratif, kadang-kadang bahkan digunakan untuk memegang rokok dan korek api.

seabiscuit silver hoof.jpg Salah satu kuku perak Seabiscuit. Bagian bawah adalah dinding kuku, sedangkan bagian atas dan tengah berwarna perak. (Jacqueline Cooper)

Namun, ketika lab kami menerima dua kuku Seabiscuit, hal yang paling mencolok tentang mereka adalah seberapa buruknya mereka. Sebagian besar dari setiap kuku telah ditarik dari sepatu perak. Kata terbaik untuk menggambarkan mereka kasar. Dan bagian atas yang berlubang itu begitu dalam ke dalam setiap kuku, kami takut tulang-tulang itu telah diambil sepenuhnya dari sampel selama proses pengemasan. Kami memutuskan untuk maju dan melihat apa yang bisa kami temukan.

Ph.D. mahasiswa Kate DeRosa, dengan bantuan dari Andy Merriwether, yang mengarahkan Laboratorium DNA dan Forensik Kuno di kampus, mengebor ke dalam kuku, berharap menemukan apa yang disebut tulang peti mati, tulang paling bawah di dalam kapsul kuku kuda. Saat Kate mengebor, bubuk yang dihasilkan berubah dari coklat tua, menandakan bahwa itu adalah zat non-tulang, menjadi putih, menunjukkan bahwa tulang peti mati memang masih ada di sana.

Kate DeRosa.jpg Kate DeRosa mengekstrak apa yang dia bisa dari bagian bawah kuku. (Steven Tammariello)

Tim kami melanjutkan untuk mengekstraksi DNA dari tulang bubuk. DNA nuklir agak terdegradasi, yang tidak mengejutkan kami mengingat usia sampel dan perlakuan kimiawi yang keras terhadap kuku selama proses perak. Namun DNA mitokondria masih utuh. Kami menggunakannya untuk memverifikasi garis keturunan ibu dari sampel dan mengkonfirmasi bahwa kuku memang dari Seabiscuit.

Meskipun DNA nuklir dari sampel kuku tidak utuh, Kate masih dapat mengurutkan sebagian gen tertentu yang terkait dengan jarak balap optimal pada ras asli. Kami menemukan bahwa Seabiscuit memiliki varian gen yang sering ditemukan pada kuda yang merupakan pelari jarak jauh yang baik. Menariknya, meskipun, yang mendasari ini adalah varian dalam gen balap kecil yang biasanya ditemukan pada kuda berlari.

Kombinasi genetik yang agak jarang ini dari stamina dan kecepatan tampaknya tercermin dalam catatan balapan sang juara, saat ia memenangi balapan mulai dari 5 furlong (sprint) hingga sejauh 1ΒΌ miles (jarak). Lebih jauh, kuda hari ini yang telah kami identifikasi dengan genotipe ini cenderung menjadi pof terlambat, memenangkan balapan pertama mereka hampir tiga bulan kemudian, rata-rata, daripada kuda dengan genotipe yang terkait dengan prekursor. Kedengarannya seperti rekor balapan Seabiscuit: Dia tidak menjadi bintang balap sejati sampai musim balapnya yang berusia 4 tahun.

seabiscuit hoof2.jpg Bagian bawah kuku perak Seabiscuit, pra-pengeboran. Kedua situs bor berada di kedua sisi titik 'katak' segitiga, yang analog dengan ujung jari seseorang. (Jacqueline Cooper)

Laboratorium kami akan terus memeriksa genom Seabiscuit, berfokus pada gen yang terkait dengan atribut fisik lainnya, serta gen yang mengendalikan sifat temperamen seperti agresi, keingintahuan, dan kemampuan untuk dilatih. Mungkin Seabiscuit memiliki varian dalam gen perilaku ini yang memberinya keinginan luar biasa untuk menang meskipun atribut fisiknya kurang ideal.

Melalui penelitian ini, para mitra yang berkolaborasi berharap untuk mendapatkan ide tentang komponen genetik apa yang membuat Seabiscuit menjadi kuda pacuan hebat seperti dirinya. Kita tahu bahwa ras asli pada awal abad ke-20 terlihat sangat berbeda dari kuda masa kini, jadi akan menarik untuk melihat apakah DNA Seabiscuit sangat berbeda dari DNA rekan-rekan modernnya. Untuk saat ini, prospek kloning Seabiscuit tidak mungkin, karena kuantitas yang tidak mencukupi dan kualitas DNA nuklir yang buruk yang dapat kami pulihkan.

* Catatan Editor, 31 Oktober 2018: Versi sebelumnya dari cerita ini secara tidak benar menyatakan bahwa keturunan generasi kelima Seabiscuit bernama Bronze Star, padahal sebenarnya itu adalah Laut Perunggu. Cerita telah diedit untuk memperbaiki fakta itu.


Artikel ini awalnya diterbitkan di The Conversation. Percakapan

Steven Tammariello, Associate Professor Ilmu Biologi dan Direktur Institute for Equine Genomics, Binghamton University, State University of New York

Ilmuwan Mengekstraksi DNA Dari Kuku Seabiscuit Untuk Mengetahui Bagaimana Dia Begitu Cepat